有些报道中认为生物降解塑料袋比起传统塑料袋来在焚烧时会产生二恶英等次生危害。但生物降解塑料是传统塑料的一种，其聚合物结构上也没有氯元素等，焚烧时是不会有二恶英废气的。另外，生物降解塑料的聚酯结构，决定了其相比传统塑料如聚乙烯等，主链上有机碳含量更低，在焚烧时候更容易充分燃烧。焚烧处理时，生物降解塑料比传统塑料不会产生更多废气。
另外，在填埋时担心生物降解塑料会释放更多有害气体，由于目前许多现代化的填埋场多数都会采用一些填埋过程中收集沼气来能量回收的装置，即使没有回收沼气也有相应的有机垃圾填埋后的沼气释放措施。在填埋场的垃圾中塑料的固体含量不到7%，且生物降解塑料目前的量也不到传统塑料的1%，因此，即使填埋也不会有更多影响填埋场的沼气的问题。
另外，生物降解塑料属于刚刚起步的行业，建立降解塑料标准体系非常重要。
自生物降解塑料出现，对于其性能的质疑和概念的混淆就一直存在，主要是由于在其发展之初没有科学的测定方法和标准对产品进行约束和界定。如“生物降解塑料”、“生物基材料”、“可堆肥材料”三者的概念及关系就经常被人们混淆。
生物基材料指的是由来自生物质的原料制备的塑料。但不是所有生物基材料都是可生物降解或可堆肥的，也不是所有可生物降解塑料袋都是生物基材料。
生物降解塑料袋是指在自然界如土壤和或沙土等条件下，和或特定条件如堆肥化条件下或厌氧消化条件下或水性培养液中，由自然界存在的微生物作用引起降解，并*终完全降解变成二氧化碳或和甲烷、水及其所含元素的矿化无机盐以及新的生物质的塑料。而可堆肥材料还要求其*后形成的堆肥中重金属含量、毒性试验、残留碎片等符合相关标准的规定。
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